Sejarah Singkat

Madrasah Tsanawiyah Negri Bulungan awalnya bernama Pendidikan Guru Agama (PGA) yang berdiri 1970-an yang berlokasi di Kampung arab. Adapun yang menjadi kepala PGA pada waktu itu :

1. Ust. Abdul Fattah (1974 s/d 1977)
2. Burhanuddin MS (1977 s/d 1979)

Pada tahun 1979 PGA berubah menjadi Madrasah Tsanawiyah Al-Hidayah Tanjung Selor yang waktu itu lebih dikenal dengan sebutan SMPI (Sekolah Menengah Pertama Islam). Adapun yang memimpin madrasah Al-Hidayah tersebut adalah :

1. H. Sayid Muhamad, BA. (1979 s/d 1980)
2. Hj. Isroiyah (1980 s/d 1991)
3. Hj. Faridah.HR, BA (1991 s/d 1998)

Pada Tanggal 25 Oktober 1993 diterbitkanlah Surat Keputusan oleh Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama Kalimantan Timur tentang Penegerian Madrasah, yang menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri Tanjung Palas. Pada waktu itu Tanjung Selor masih kelurahan dan kecamatannya Tanjung Palas. Kemudian peresmiannya pada tanggal 3 Januari 1993 beretepatan Hari Amal Bakthi Departemen Agama. Yang meresmikan adalah Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama Kalimantan Timur yang pada waktu itu di jabat oleh Bapak H. Bisri Abdul Jalil. Sedangkan yang menjabat sebagai kepala madrasahnya adalah Hj. Faridah. Lokasi madrasahnya adalah di jalan Skip II Komplek Masjid Agung Istiqomah sampai tahun 1996. Ketika itu guru-guru yang sudah PNS baru 3 orang, yaitu : Hj. Faridah.HR, BA (Kepala Madrasah),  Muhani, BA dan M. Ali Akbar, BA.

Pada tanggal 10 September 1996 diresmikan pemakaian gedung baru Madrasah Tasanawiyah Negeri Tanjung Palas oleh Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama Kalimantan Timur yang pada waktu itu dijabat oleh H. Umar Yasin. Lokasi gedungnya adalah di belakang Masjid Agung Istiqomah (Komplek Muallaf) yang ada sekarang ini. Pada waktu itu baru dibangun 4 lokal.

Pada tahun 2015, berdasarkan Keputusan Menteri Agama 209 Tahun 2015, maka MTsN Tanjung Selor diubah namanya menjadi MTsN Bulungan yang dikenal sampai saat ini.